Die Halle ist nach den Grafen von Schönborn benannt, die im 17. und 18. Jahrhundert in Würzburg und Bamberg vier bedeutende Fürstbischöfe stellten. Die Grabdenkmäler für Lothar Franz und Friedrich Karl von Schönborn, ursprünglich für den Bamberger Dom geschaffen, sind in der heutigen musealen Ausstattung der Halle die überragenden Hauptwerke.
Einst war die Halle Teil des 1709/12 unter Fürstbischof Johann Philipp von Greiffenclau nach Plänen des Würz burger Architekten und Ingenieur-Hauptmanns Andreas Müller errichteten Zeughauses. Zur Verteidigung der Festung Marienberg lagerten hier "mehrere tausend Zentner an Kanonen, Mörsern, Feldschlangen, Kartaunen und Haubitzen, dazu Bomben, Kugeln und Granaten sowie Lafetten und anderes Zubehör".
Neben der musealen Nutzung bietet die Halle heute auch den Rahmen für die regelmäßigen, festlichen Museumskonzerte.